Perubahan patologi mencerminkan gejal-gejala klinis, tetapi umumnya bersifat luas dan melibatkan banyak sistem organ. Erosi dan hemorrhagic dapat muncul di seluruh sistem gastrointestinal, dan dalam kasus yang lebih akut dapat dikaitkan dengan hemorrhagic pada usus. Secara umum, kelenjar getah bening akan membesar dan sering mengeras serta berwarna putih ketika dilakukan penyayatan, sedangkan yang lain, khususnya submandibular dan retropharyngeal, mungkin dapat terjadi hemorrhagic dan bahkan nekrotik. Akumulasi catarrhal, erosi dan pembentukan sebuah selaput diphteritic sering teramati di saluran pernafasan.
Di dalam saluran urinari, ciri khas seperti echymotic haemorrhages dari bagian epitel kantung kemih sering tampak, sementara lapisan luar ginjal (kortek renalis) mungkin akan muncul suatu foci dengan diameter 1-5 mm dan kadang dikelilingi oleh zona pendarahan yang tipis. Perubahan histologi telah menjadi suatu dasar untuk mengkonfirmasikan kasus MCF yang dicirikan oleh degenerasi epitel, vasculitis, hyperplasia dan pengerasan dari organ limfoid, serta akumulasi yang meluas pada sel limfoid dalam organ non limfoid. Luka pada epitel mungkin akan terlihat di semua permukaan epitel dan disifatkan dengan erosi dan koreng, sering juga disertai dengan infiltrasi sel limfoid pada sub epitel dan intraepitel yang mungkin terkait dengan vasculitis dan haemorrhagic.
Vasculitis biasanya muncul dan mungkin terjadi di otak, yang mempengaruhi vena, arteri, arteriol dan venula. Hal ini ditandai dengan infiltrasi sel limfoid dari selaput adventisia dan media, juga sering dikaitkan dengan degenerasi fibrinoid. Dalam lumen mungkin ada 'pengerasan' oleh sel limfoid, dan dalam kasus yang parah, kerusakan endothelial dan sub endothelial oleh sel limfoid kadang-kadang dapat mengakibatkan kemacetan. Hiperplasia getah bening dicirikan oleh ekspansi sel lymphoblastoid di paracortex, sedangkan lesion degeneratif pada umumnya terkait dengan folikel. Edema dengan peradangan limfoid sering mempengaruhi jaringan perinodal. Akumulasi sel limfoid di interstisial organ non limfoid, khususnya di kortek renalis dan area periportal hati adalah biasa, dan pada ginjal sangat luas.
Di dalam otak mungkin terjadi nonsuppurative meningoencephalitis dengan lymphocytic perivascular cuffing dan ditandai dengan peningkatan sel dari cairan tulang punggung ke otak. Secara makrokopik dapat teramati adanya lesi di kornea oleh infiltrasi sel limfoid dengan edema dan erosi yang berkembang dalam kasus lanjutan. Vasculitis, hypopyon dan iridocyclitis juga dapat terjadi. Pada dasarnya patologi yang terjadi pada hewan penderita MCF. Namun, selain pemeriksaan histologi, metode yang tersedia untuk mendiagnosa AIHV-1-dan OvHV-2 ini sangat berbeda dan dianggap terpisah (OIE, 2008).